東に佐賀県と隣接する以外、周りは海である。対馬、壱岐、五島などの島嶼が多く、島嶼の数は 971 と全国一である

また、海岸線 4,137km は北海道に次いで全国2位であるが、

北方領土を除いた場合の北海道の海岸線は2,978kmとなり、大差で長崎県が第1位となる。

面積が北海道の約20分の1である長崎県の海岸線がこれほど長大なのは、

島嶼が非常に多いことに加え、リアス式海岸で海岸線が複雑に入り組んでいるからである。。